Добрый день! Хотел бы спросить совета у тех, кто, может быть, был в подобной …

Эт мы знаем, плавали. :)
А вдруг он до января подал и адвокат сможет присовокупить новый пакет к уже поданному?

+/- понятнее.
Скорее всего прокурор прав, по чисто формальным обстоятельствам. Российский филиал, скорее всего, comte individuelle вам не выпишет - а все остальные документы на будут приняты во внимание, так как именно comte individuelle является подтверждающим документом согласно королевского указа.
То есть формально отказ обоснован - опротестовывать именно это решение можно, но это 50/50 вариант (ваш адвокат будет, скорее всего, обосновывать то, что вы соответствуете критериям исходя из духа закона, и что несоответсвие при этом поданных документов букве закона - вторично). Вариант "как повезет", потенциально затратный, так как может потребовать ряда опротестовываний вверх по инстанциям. Но если у Вас есть время и деньги - можете попробовать - тогда Ваш успех станет прецедентом и на него можно будет ссылаться другим людям с похожей ситуацией.

На мой взгляд, самым практичным будет доказать соответсвие критериям, предоставив подтверждающие документы в строжайшем соответствии с буквой закона

Вариант 1: вы можете попробовать выписать этот самый compte individuelle и у российского филиала - но в таком документ должен содержать данные о работодателе, которых у него, может, и нет (чтобы иметь возможность выписать compte - работодатель должен быть зарегистрирован как бельгийское пердприятие и иметь Numéro d'entreprise, Numero ONSS, BCE и тп).

Вариант 2.
предоставляем три разных документа:
- экономическая интеграция подтверждается compte individuel, ничего что не за 5 лет - должно быть не менее 468 рабочих дней; если перешли в бельгийский филиал в 2010 - уже должно быть, ну или немного совсем осталость.
- язык - документы перчислены статье 1 указа
- социальная интеграция - документы перчислены в статье 7 пункт 4 указа (указ по гиперссылке выше)
удачи.

И мой первоначальный вопрос был касательно опыта рассмотрения повторных запросов - формально ли относятся к тем, кому уже отказывали или нет.

если у вас при новой подаче все будет соответствовать требованиям - у них не будет никаких формальных оснований вам отказать.
Как я понял, документы у вас уже есть. я бы на вашем месте подал бы снова, а не опротестовывал бы решение прокурора, которое было обоснованным на тот момент.